Il Comune, che viene citato in un documento del 956 come Alesate, e in un altro del XIII secolo come Alzae, è di origine romana; il suo nome deriva forse da "Aliciat" o dal nome personale "Alcius". La presenza romana nella zona è stata accertata da una serie di scavi, che hanno portato alla luce due lapidi romane intitolate alla Dea Minerva a cui era dedicato un tempio, che si presume sorgesse nella zona dove adesso è situata la chiesa Parrocchiale dei Santi Pietro e Paolo. Nel 1457, quando Cantù venne concessa in feudo alla famiglia di Pietrasanta, identica sorte toccò ad Alzate