Incerta l'origine del paese, anche se le prime notizie certe risalgono a prima del '900. Nello stemma comunale compare un castello: è il ricordo della grande fortificazione di cui ancor oggi è visibile una parte, forse residuo di una costruzione successiva. Si tratta di una torre, merlata fino ai primi del '900, e poi modificata a seguito di un nubifragio. Un forte-castello realizzato molto prima dell'anno Mille e attorno al quale si svolsero numerosi sanguinosi episodi durante le guerre che contrapposero Como e Milano. Qui, nel 1222 vi si rifugiarono molti nobili Ghibellini, fuggiti da Milano per il trionfo del movimento popolare. Per questo il podestà di Milano, Ardigotto Marcellino, mise al bando Carugo e mandò truppe per snidare i nobili e distruggere il paese. Il castello costruito in frazione Gattedo fu invece al centro di sanguinose vicende di religione legate al diffondersi di sette di innovatori, eretici per la chiesa, come quella dei Catari. Milano fu particolarmente influenzata dall'eresia dei Catari, che avevano come avamposti i castelli di Agliate e Gattedo-Carugo. Roberto Patta, proprietario di quello di Carugo, ordì la congiura che portò alla morte di Pietro da Verona, inquisitore nella lotta alle eresie. Due anni dopo, nel 1254, Papa Innocenzo IV ordinò la distruzione del castello, che fu raso al suolo, tanto che ora è riconoscibile solo uno sperone delle mura. Già feudo dei Carugo, il paese fece parte del ducato di Milano e della Pieve di Mariano, e poi ancora feudo dei Marliani, Giussani e Crivelli. Oggi è un centro industrioso della Brianza occidentale, come stanno a simboleggiare le api, sinonimo di laboriosità, che compaiono nello stemma comunale.